Biofizikalni dizajn antimikrobnih peptida i inovativni molekularni deskriptori – BioAmpMode

Voditelj: Damir Vukičević

Ustanova:
Sveučilište u Splitu, Prirodoslovno-matematički fakultet

Sažetak:
Polazišna točka ovog interdisciplinarnog projekta je prikupljanje bioinformatičkih i kemoinformartičkih podataka koji povezuju molekularnu strukturu sa fizikalno-kemijskim i biološkim svojstvima. U slučaju antimikrobnih peptida, mjerena biološka aktivnost i terapeutski indeks će biti prikupljeni iz objavljenih radova sa ciljem konstruiranja robusnih i preciznih modela predikcije. Velika količina podataka koje se tiče svojstava 20 prirodnih aminokiselina će također biti prikupljena i analizirana. Planiramo predložiti nove ljestvice svojstava prirodnih aminokiselina koje mogu biti osnova za daljnja istraživanja. Po našem iskustvu, konstrukcija dobrog prediktivnog modela nije moguća bez biofizikalnog uvida sa ciljem da se predlože prikladni molekularni deskriptori koji su ključni za prikupljanje podataka i izgradnju modela. Ovi modeli bi trebali biti zasnovani na novo razvijenim molekularnim deskriptorima. Proučavanje molekularnih deskriptora će biti važan dio ovog projekta – njihovih ekstremalnih svojstav, kompleksnosti računanja i njihovih međusobnih odnosa. Napravit će se algoritmi za in silico identifikaciju ili predviđanje struktura sa željenim svojstvima, te će se provjeriti sintezom, karakteriziranjem i testiranjem previđenih spojeva. Aktivnost, selektivnost, konformacija i mehanizam djelovanja obećavajućih spojeva će se provjeriti biofizikalnim, biokemijskim i mikrobiološkim tehnikama. Inicijalni razvoj lijekova je unutar okvira ovog projekta sa ciljem pronalaska novih klasa netoksičnih peptidnih antibiotika aktivnih protiv multirezistentnih bakterija. Do novih peptidnih antibiotika ćemo dolaziti koristeći različite algoritme i metode koje smo razvili u prošlosti kao i razvojem dodatnih metoda i algoritama. Stoga su prvi peptidi ispitani te su pokazali da mogu poslužiti kao vodeći spojevi u razvoju agenasa u borbi protiv Gram negativnih i Gram pozitivnih bakterija.

BChE reaktivatori za detoksikaciju organofosfatnih živčanih bojnih otrova i pesticida u ljudskom tkivu

NIH CounterACT Exploratory/Developmental Projects in Translational Research (R21)

2013.-2016.

Projekt je usmjeren na detoksikaciju organofosfornih spojeva (OP), živčanih bojnih otrova i pesticida, izravno u tkivu izloženih osoba, kao sredstvo zaštite od akutnih i kroničnih posljedica trovanja s OP-om. Projekt se temelji na dvjema pretpostavkama.

  • Kombinacija oksima i ljudske butirilkolinesteraze (BChE) može razgraditi živčane bojne otrove i pesticide u uvjetima in vivo prevodeći BChE iz stehiometrijskoga u katalitičko biočistilo.
  • Ako je postignuta odgovarajuća metabolička izmjena primijenjenog oksima, količina endogene BChE prisutne u ljudskim tkivima, prije svega u plazmi, plućima i crijevima, trebala bi biti dovoljna da u kombinaciji s egzogeno primijenjenim oksimom uspostavi djelotvorno katalitičko OP-biočistilo bez dodatne administracije pročišćene humane BChE.

Priprema dokumentacije za Istraživačko-edukacijski centar za zdravstvenu i medicinsku ekologiju i zaštitu od zračenja

Puni naziv projekta: Priprema dokumentacije za Istraživačko-edukacijski centar za zdravstvenu i medicinsku ekologiju i zaštitu od zračenja – Rekonstrukcija i dogradnja Instituta za medicinska istraživanja i medicinu rada u Zagrebu (RC.2.2.10-0001)

Razdoblje provedbe projekta: 29. siječnja-29. studenog 2016.
Korisnik: Institut za medicinska istraživanja i medicinu rada

Ukupna vrijednost projekta: 4.268.330,00 HRK
EU sufinanciranje projekta: 3.628.080,50 HRK (85%)

PT 1: Ministarstvo znanosti, obrazovanja i sporta
PT 2: Središnja agencija za ugovaranje i financiranje programa i projekata Europske unije

Sažetak projekta

Nakon uspješne prijave na Poziv RC.2.2.10 „Priprema zalihe infrastrukturnih projekata za EFRR 2014.-2020. – Treći poziv“, Institutu su dodijeljena bespovratna sredstva u iznosu od 4.268.330,00 HRK (85 % sufinanciranje Europska unija; 15 % Republika Hrvatska). Projekt je bio namijenjen kompletiranju sve dokumentacije potrebne za buduću prijavu projekta Istraživačko-edukacijskog centra za zdravstvenu i medicinsku ekologiju i zaštitu od zračenja (čime se podrazumijeva rekonstrukcija središnje zgrade Instituta i dogradnja nove na mjestu južne), koji je Ministarstvo znanosti i obrazovanja unaprijed odabralo putem otvorenog poziva na dostavu projektnih prijedloga „Priprema zalihe infrastrukturnih projekata za EFRR 2014.-2020.“ i uvrstilo na svoju tzv. indikativnu listu.

Projektom se prikupljaju dokumenti poput studije izvodljivosti s analizom troškova i koristi; glavnog i izvedbenog projekta; te drugi dokumenti neophodni za pribavljanje prije započinjanja gradnje.

Uspješnom provedbom projekta doprineseno je pokazatelju RC.2-017 Operativnog programa  regionalne konkurentnosti Republike Hrvatske (OPRK) naziva “Infrastrukturni projekti iz područja istraživanja, razvoja i inovacija pripremljeni za prijavu za financiranje iz nove financijske perspektive 2014.-2020.”.

Institut je sa završetkom ovoga projekta u očekivanju objave poziva za dodjelu bespovratnih sredstava kojim će započeti rekonstrukciju i dogradnju svojih zgrada te značajno unaprijediti svoj znanstvenoistraživački i stručni rad.

Ulaganje u budućnost
Projekt je sufinancirala Europska unija iz Europskog fonda za regionalni razvoj